Il centro situato a poca distanza dal lago, prende il nome dal palazzo fortificato della Badia, menzionato dal principio del XIII secolo come ospedale di Gerosolimitani e passato nel 1311-12, per esproprio dei beni dei Templari ai Cavalieri di Malta (cui tutt'ora appartiene) che lo elessero a loro "mansio" (alla francese, magione).

Il complesso, a pianta quadrata con torrioni angolari, è il risultato di una cospicua somma di interventi che rende dubbiosa l'attribuzione a Fioravante Fioravanti del progetto architettonico definitivo, datato al '400; all'interno, interessanti il cortile a tre loggiati sovrapposti su tre lati e la Sala del Trono.
La Badia ingloba la chiesa di San Giovanni Battista, informe riconducibili agli albori del gotico.

Attraversando il paese si incontra la parrocchiale di S. Giovanni Battista, così intitolata perchè commissionata dai Cavalieri di Malta nel XVI secolo, rifatta nell'800 (salvo nella facciata, settecentesca); è interamente decorata di affreschi di Gerardo Dottori (1947), che nel paese ha lasciato altri dipinti conservati nella sede del Comune.

Sulla via principale si trova la chiesa di Santa Maria delle Grazie, ricostruita nel 1720, che faceva parte di un ospedale fortificato tenuto dai monaci basiliani, cacciati nel 1251; custodisce una Maestà attribuita ad Andrea di Giovanni (1371).

L'area sottostante a Magione, bonificata negli ultimi decenni del '200, è chiamata Pian di Carpine in ragione della vegetazione un tempo prevalente; il toponimo indicava in origine il paese stesso ed è rimasto come specificazione Fra Giovanni, nativo del luogo, che nel 1225 viaggiò in Estremo Oriente lasciando nella "Historia Mongolorum" la prima descrizione del paese e della gente mongola.